Dr. Kevin Cazelles

Écologue théoricien

Je suis un écologue qui utilise l’analyse, les probabilités, les statistiques, la science des données et la science numérique pour étudier les réseaux écologiques et comprendre comment les changements globaux les affectent dans le but de conserver la biodiversité et le bon fonctionnement des écosystèmes qui sont essentiels à notre santé et notre bien-être.

Formation

Expérience professionnelle

  10/2020–présent: Co-fondateur de inSileco Inc.

   Québec, QC, Canada
   Création d’ateliers de formation à la science des données et à la recherche reproductible, développement d’applications Shiny.

  02/2022–07/2023: Scientifique des données

   Omnimed, Cookshire-Eaton, QC, Canada
   Amélioration du processus d’imporation des données par la mise en place d’un outil intelligent de tests de qualité des données.

  03/2021–02/2022: Associé de recherche

   McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
   Travaux de recherche sur les réseaux écologiques, les méta-écosystèmes et l’origine géographique des produits alimentaires.

  06/2017–10/2020: Chercheur post-doctoral

   McCann Lab, University of Guelph, ON, Canada
   Travaux de recherche sur les réseaux écologiques, les méta-écosystèmes, la biogéographie et l’origine géographique des produits alimentaires.

  10/2012–12/2016: Candidat au doctorat

   Université de Montpellier, France/ Université du Québec à Rimouski, QC, Canada
   Thèse de doctorat portant sur le lien entre occurrence et interactions écologiques.

  06/2012–09/2012: Professionnel de recherche

   École Normale Supérieure, Paris, France
   Travaux sur les analyses en ondelettes appliquées à la propagation de la dengue en Asie du sud-est.

  01/2011–11/2011: Assistant de recherche

   Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
   Travail en laboratoire sur la germination de graines d’espèces endémiques de la Serra do Cipó.

  07/2010–12/2010: Assistant de recherche

   SIMBIOS Centre, Abertay University, Dundee, United Kingdom
   Recherche sur la modélisation de la croissance mycorhizienne.

  06/2012–09/2012: Professionnel de recherche

   École Normale Supérieure, Paris, France
   Travaux sur les analyses en ondelettes appliquées à la propagation de la dengue en Asie du sud-est.

Compétences computationnelles

Calcul scientifique

  • ■ ■ ■ ■ ■ R
  • ■ ■ ■ ■ □ Julia
  • ■ ■ ■ □ □ Python
  • ■ ■ ■ □ □ Matlab/Octave
  • ■ ■ ■ □ □ C/C++
  • ■ ■ ■ □ □ Java
  • ■ ■ ■ □ □ Sage
  • ■ ■ ■ ■ □ Bash

Reproductibilité

  • ■ ■ ■ ■ □ Git
  • ■ ■ ■ ■ □ GitHub Actions
  • ■ ■ ■ ■ □ Docker
  • ■ ■ ■ □ □ Dagster
  • ■ ■ □ □ □ Kubernetes
  • ■ ■ ■ □ □ Torque/Slurm

Bases de données

  • ■ ■ ■ ■ □ SQL (postgreSQL, SQLite, Oracle, etc.)
  • ■ ■ □ □ □ DuckDB
  • ■ ■ □ □ □ Arrow
  • ■ ■ □ □ □ mongoDB

Technologies Internet modernes

  • ■ ■ ■ ■ □ HTML/CSS/Javascript
  • ■ ■ ■ ■ □ Hugo
  • ■ ■ ■ ■ □ Shiny App
  • ■ ■ □ □ □ Spring Framework

Préparation de documents

  • ■ ■ ■ ■ □ SQL (postgreSQL, SQLite, Oracle, etc.)
  • ■ ■ □ □ □ DuckDB
  • ■ ■ □ □ □ Arrow
  • ■ ■ □ □ □ mongoDB

Enseignement

Expérience de mentorat

Publications

Revues internationales à comité de lecture

  1. Cazelles K. (2023). Isolating interactions from co-occurrences. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-023-02245-z.
  2. Harvey E., Marleau J., Gounand I., Leroux S., Firkowski C., Altermatt F., Guillaume Blanchet F., Cazelles K., Chu C., D’Aloia C., Donelle L., Gravel D., Guichard F., McCann K., Ruppert J., Ward C. & Fortin M. (2023). A general meta‐ecosystem model to predict ecosystem functions at landscape extents. Ecography. doi: 10.1111/ecog.06790.
  3. Cazelles B., Cazelles K., Tian H., Chavez M. & Pascual M. (2023). Disentangling local and global climate drivers in the population dynamics of mosquito-borne infections. Science Advances. doi: 10.1126/sciadv.adf7202.
  4. Beauchesne D., Cazelles K., Daigle R., Gravel D. & Archambault P. (2023). Ecological interactions amplify cumulative effects in marine ecosystems. Preprint. doi: 10.21203/rs.3.rs-3296860/v1.
  5. Saulnier-Talbot É., Duchesne E., Antoniades D., Arseneault D., Barnard C., Berteaux D., Bhiry N., Bouchard F., Boudreau S., Cazelles K., Comte J., Corbeil-Robitaille M., Côté S., Couture R., Fontaine G., Domine F., Fauteux D., Fortier D., Garneau M., Gauthier G., Gravel D., Laurion I., Lavoie M., Lecomte N., Legagneux P., Lévesque E., Naud M., Paquette M., Payette S., Pienitz R., Rautio M., Roy A., Royer A., Simard M., Vincent W. & Bêty J. (2023). State shifts and divergent sensitivities to climate warming across northern ecosystems. Preprint. doi: 10.21203/rs.3.rs-3026284/v1.
  6. Gutgesell M., McCann K., Gellner G., Cazelles K., Greyson-Gaito C., Bieg C., Guzzo M., Warne C., Ward C., O’Connor R., Scott A., Graham B., Champagne E. & McMeans B. (2022). On the dynamic nature of omnivory in a changing world. BioScience. doi: 10.1093/biosci/biab144.
  7. Galiana N., Lurgi M., Bastazini V., Bosch J., Cagnolo L., Cazelles K., Claramunt-López B., Emer C., Fortin M., Grass I., Hernández-Castellano C., Jauker F., Leroux S., McCann K., McLeod A., Montoya D., Mulder C., Osorio-Canadas S., Reverté S., Rodrigo A., Steffan-Dewenter I., Traveset A., Valverde S., Vázquez D., Wood S., Gravel D., Roslin T., Thuiller W. & Montoya J. (2022). Ecological network complexity scales with area. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-021-01644-4.
  8. Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P., Dee L. & Gravel D. (2021). On the sensitivity of food webs to multiple stressors. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13841.
  9. Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A., Mercier B., Violet C. & Vissault S. (2021). Global knowledge gaps in species interaction networks data. Journal of Biogeography. doi: 10.1111/jbi.14127.
  10. McCann K., Cazelles K., MacDougall A., Fussmann G., Bieg C., Cristescu M., Fryxell J., Gellner G., Lapointe B. & Gonzalez A. (2020). Landscape modification and nutrient‐driven instability at a distance. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13644.
  11. Cazelles K., Zemlak T., Gutgesell M., Myles-Gonzalez E., Hanner R. & Shear McCann K. (2021). Spatial fingerprinting: Horizontal fusion of multi-dimensional bio-tracers as solution to global food provenance problems. Foods. doi: 10.3390/foods10040717.
  12. Blanchet F., Cazelles K. & Gravel D. (2020). Co‐occurrence is not evidence of ecological interactions. Ecology Letters. doi: 10.1111/ele.13525.
  13. Warne C., McCann K., Rooney N., Cazelles K. & Guzzo M. (2020). Geography and morphology affect the ice duration dynamics of northern hemisphere lakes worldwide. Geophysical Research Letters. doi: 10.1029/2020gl087953.
  14. Solarik K., Cazelles K., Messier C., Bergeron Y. & Gravel D. (2019). Priority effects will impede range shifts of temperate tree species into the boreal forest. Journal of Ecology. doi: 10.1111/1365-2745.13311.
  15. Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., Macdonald A., Mercier B., Violet C. & Vissault S. (2020). Environmental biases in the study of ecological networks at the planetary scale. Preprint. doi: 10.1101/2020.01.27.921429.
  16. Brice M., Cazelles K., Legendre P. & Fortin M. (2019). Disturbances amplify tree community responses to climate change in the temperate–boreal ecotone. Global Ecology and Biogeography. doi: 10.1111/geb.12971.
  17. Cazelles K. & Vissault S. (2019). Rmangal: Making ecological networks easily accessible. Preprint. doi: 10.59350/51nby-5v347.
  18. Cazelles K., Bartley T., Guzzo M., Brice M., MacDougall A., Bennett J., Esch E., Kadoya T., Kelly J., Matsuzaki S., Nilsson K. & McCann K. (2019). Homogenization of freshwater lakes: Recent compositional shifts in fish communities are explained by gamefish movement and not climate change. Global Change Biology. doi: 10.1111/gcb.14829.
  19. Albouy C., Archambault P., Appeltans W., Araújo M., Beauchesne D., Cazelles K., Cirtwill A., Fortin M., Galiana N., Leroux S., Pellissier L., Poisot T., Stouffer D., Wood S. & Gravel D. (2019). The marine fish food web is globally connected. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-019-0950-y.
  20. Cazelles K. & McCann K. (2019). Diversity-stability and the structure of perturbations. Peer Community In Ecology. doi: 10.24072/pci.ecology.100017.
  21. Bartley T., Guzzo M., Cazelles K., Verville A., McMeans B. & McCann K. (2019). Thermal preference influences depth use but not biomass of predatory fishes in response to lake morphometry. Preprint. doi: 10.1101/572925.
  22. Bartley T., McCann K., Bieg C., Cazelles K., Granados M., Guzzo M., MacDougall A., Tunney T. & McMeans B. (2019). Food web rewiring in a changing world. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0772-3.
  23. Bartomeus I., Cazelles K. & Geschke J. (2018). Rcites - the story behind the package. Preprint. doi: 10.59350/4q40p-bxr56.
  24. Wheeler H., Berteaux D., Furgal C., Cazelles K., Yoccoz N. & Grémillet D. (2019). Identifying key needs for the integration of social–ecological outcomes in arctic wildlife monitoring. Conservation Biology. doi: 10.1111/cobi.13257.
  25. Geschke J., Cazelles K. & Bartomeus I. (2018). Rcites: An r package to access the CITES speciesplus database. Journal of Open Source Software. doi: 10.21105/joss.01091.
  26. Galiana N., Lurgi M., Claramunt-López B., Fortin M., Leroux S., Cazelles K., Gravel D. & Montoya J. (2018). The spatial scaling of species interaction networks. Nature Ecology & Evolution. doi: 10.1038/s41559-018-0517-3.
  27. MacDougall A., Harvey E., McCune J., Nilsson K., Bennett J., Firn J., Bartley T., Grace J., Kelly J., Tunney T., McMeans B., Matsuzaki S., Kadoya T., Esch E., Cazelles K., Lester N. & McCann K. (2018). Context-dependent interactions and the regulation of species richness in freshwater fish. Nature Communications. doi: 10.1038/s41467-018-03419-1.
  28. Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D. (2018). Our house is burning: Discrepancy in climate change vs. Biodiversity coverage in the media as compared to scientific literature. Frontiers in Ecology and Evolution. doi: 10.3389/fevo.2017.00175.
  29. Kopelke J., Nyman T., Cazelles K., Gravel D., Vissault S. & Roslin T. (2017). Food‐web structure of willow‐galling sawflies and their natural enemies across europe. Ecology. doi: 10.1002/ecy.1832.
  30. Massol F., Dubart M., Calcagno V., Cazelles K., Jacquet C., Kéfi S. & Gravel D. (2017). Island biogeography of food webs. Advances in ecological research. doi: 10.1016/bs.aecr.2016.10.004.
  31. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2016). On the integration of biotic interaction and environmental constraints at the biogeographical scale. Ecography. doi: 10.1111/ecog.01714.
  32. Poisot T., Cirtwill A., Cazelles K., Gravel D., Fortin M. & Stouffer D. (2015). The structure of probabilistic networks. Methods in Ecology and Evolution. doi: 10.1111/2041-210x.12468.
  33. Cazelles K., Araújo M., Mouquet N. & Gravel D. (2015). A theory for species co-occurrence in interaction networks. Theoretical Ecology. doi: 10.1007/s12080-015-0281-9.
  34. Le Stradic S., Silveira F., Buisson E., Cazelles K., Carvalho V. & Fernandes G. (2015). Diversity of germination strategies and seed dormancy in herbaceous species of campo rupestre grasslands. Austral Ecology. doi: 10.1111/aec.12221.
  35. Cazelles B. & Cazelles K. (2014). Major urban centers have weak influence on the timing of dengue epidemics in southeast asia. International Journal of Infectious Diseases. doi: 10.1016/j.ijid.2014.03.873.
  36. Cazelles B., Cazelles K. & Chavez M. (2014). Wavelet analysis in ecology and epidemiology: Impact of statistical tests. Journal of The Royal Society Interface. doi: 10.1098/rsif.2013.0585.
  37. Cazelles K., Otten W., Baveye P. & Falconer R. (2013). Soil fungal dynamics: Parameterisation and sensitivity analysis of modelled physiological processes, soil architecture and carbon distribution. Ecological Modelling. doi: 10.1016/j.ecolmodel.2012.08.008.

Rapports

  1. Stoyel Q., Finnis S., Gomez C., Lazin G., Daigle R., Lindsay B., Adrian H., Charlotte S., David B., Sean B. & Cazelles K. (2022). An open, efficient, and transparent spatial reproducible reporting tool for data discovery and science advice . Canadian Technical Report of Fisheries and Aquatic Sciences 3495 .

Vulgarisation scientifique

  1. Cazelles K. (2014). La Biodiversité en territoire isolée. Accromath.
  2. Legagneux P., Cazelles K. & Gravel D. (2019). Sommes-nous bien informés ? : écarts entre la couverture du changement climatique et de la biodiversité par les médias et la littérature scientifique. Climatoscope.

Logiciels

Cette section inclue un sous-ensemble de mes contributions à des logiciels libres. Si vous êtes intéressé à voir davantage de mes contributions, elles sont presque toutes visible sur mon compte GitHub (voir également la section “notes” de mon site internet).


packages

La selection ci-dessous présente des packages R auxquels j’ai contribué significativement.

  • rcites (reponsable du paquet): Client R pour accéder à la base de données Speciesplus via l’API Speciesplus/CITES Checklist .
  • graphicsutils (reponsable du paquet): Divers functions graphiques .
  • motifcensus (reponsable du paquet): Implémentation Rcpp qui compte les différente positions occupées par les espèces de tous les motifs à 3 espèces d’un réseau uniparti .
  • rmangal (reponsable du paquet): Client R pour la base de données Mangal .
  • rgovcan (contributeur): Client R pour interagir avec l’API d’Open Canada .

Compendia de recherche

Je suis très engagé dans la recherche reproductible. À chaque étude que je publie est associé un compendium de recherche. La liste ci-dessous est une selection de compendia de recherche qui ont été publiés avec un article scientifique auquel j’ai contribué significativement.

Manuels

  • Casajus N. & Cazelles K. Visualiser vos données avec R (2020)
  • Cazelles K. Utiliser R Markdown pour créer des documents dynamiques (2020)

Présentations

Présentations orales

  1. Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2019-12-19). Embracing the blessing of dimensionality to determine species’ provenance. QCBS Annual symposium. Montreal, QC, Canada.
  2. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2018-08-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA.
  3. Cazelles K., Myles-Gonzalez E., Zemlak T. & McCann K. (2018-07-01). Fighgting Noise with dimensionality. CSEE Annual Meeting. Guelph, ON, Canada.
  4. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Towards an Energetic Theory of Island biogeography. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
  5. Cazelles K., Gravel D. & McCann K. (2017-12-01). Do ecological interactions impact geographic distributions of species?. Ecology Across Borders. Ghent, Belgium.
  6. Vissault S. & Cazelles K. (2017-01-08). Teaser of the alien R package. R à Québec. Québec, QC, Canada.
  7. Cazelles K., Mouquet N. & Gravel D. (2015-12-01). Do ecological interaction impact geographical distributions of species?. QCBS - Annual Symposium. Montreal, QC, Canada.
  8. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2015-08-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. CSEE - Annual Meeting. Saskatoon, SK, Canada.
  9. Cazelles K., Mouquet N., Mouillot D. & Gravel D. (2014-12-01). Integration of ecological networks in a theoretical stochastic model of biogeography. BES-SFE - Joint Annual Meeting. Lille, France.
  10. Cazelles K. & Cazelles B. (2012-08-01). Wavelet Clustering, a tool to integrate spatial and temporal patterns based on their dynamical properties, application to dengue in Thailand. Model in Population Biology. Santa Maria, Brazil.

Séminaires

  1. Cazelles K. (2018-10-12). Do biotic interactions affect species distribution?. Université de Sherbrooke. Université de Sherbrooke.
  2. Cazelles K. (2018-03-13). Do biotic interactions affect species distribution?. Department of Integratove Biology, University of Guelph. Department of Integratove Biology, University of Guelph.
  3. Cazelles K. (2018-02-02). Do biotic interactions affect species distribution?. Institut de recherche en biologie végétale, Montréal. Institut de recherche en biologie végétale, Montréal.
  4. Cazelles K. (2018-01-08). Do biotic interactions affect species distribution?. Department of Ecology & Evolutionary Biology, University of Toronto. Department of Ecology & Evolutionary Biology, University of Toronto.
  5. Cazelles K. (2017-02-09). Do biotic interactions affect species distribution?. Laboratoire d’ECologie Alpine, Université Grenoble Alpes. Laboratoire d’ECologie Alpine, Université Grenoble Alpes.

Affiches

  1. Vissault S., Gravel D., Cazelles K. & Poisot T.. Mangal, a global ecological interactions database. biodiversitynext. Leiden – The Netherlands (2018-08-01).
  2. Brice M., Legendre P., Cazelles K. & Fortin M.. Long-term forest community changes in the boreal-temperate ecotone. ESA Annual Meeting. New-Orleans, LA, USA (2018-08-01).
  3. Myles-Gonzalez E., Cazelles K., Zemlak T. & McCann K.. Using Distributions of Biotracers to Predict Global Food Traceability. 69th Pacific Fisheries Technologists’ (PFT) conference 2018. Alaska (2018-02-01).
  4. Beauchesne D., Cazelles K., Archambault P. & Gravel D.. Predicting the spatial distribution of ecological networks. CSEE Annual meeting. Victoria, BC, Canada (2017-08-01).
  5. Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., Chevallier C., Chevrinais M., Guéry L., Jacquet C., Jaffré M., Naud M., Noisette F., Ropars P., Vissault S., Archambault P., Bêty J., Berteaux D. & Gravel D.. The Earth Tribune. ArcticNet Meeting. Winnipeg, MB, Canada (2016-12-01).

Bourses et récompenses

Couverture médiatique